司法院前為因應審理法的施行，且為使智慧財產案件之審理更有效率，乃就智慧財產案件各訴訟程序訂有審理模式，此審理模式具抽象性，提供予法官審理該類案件時參考，並讓訴訟當事人知悉訴訟可能進行之情形，惟對於訴訟當事人尚不發生拘束力。
歷經一年多之運作，智慧財產法院於民國99年3月12日邀請律師、專利師、專利代理人等參加案件審理模式研討會議，與會人員充分交換意見後，修訂符合各界期待之案件處理流程範例，使智慧財產訴訟之審理兼顧程序與實質正義、效率與品質。
至於審理計畫，則是法官於具體個案中，斟酌案件內容、兩造提出的攻擊與防禦方法，與當事人訂定案件進行的時程，其中包含調查之內容、順序等，若當事人未配合該審理計畫，則可能發生失權效等法律效果，即審理計畫是會對當事人發生一定程度之拘束力。
1.最高法院、最高行政法院 2.智慧財產法院 2.1民事訴訟 2.1.1 第二審 相關智慧財產權法所生民事訴訟事件 2.1.2 第一審 相關智慧財產權法所生民事訴訟事件 2.2刑事訴訟 2.2.1 第二審 受理不服各地方法院對刑法、商標法、著作權或公平交易 關於智慧財產權益保護刑事訴訟案件 2.2.2 第一審 各地方法院對刑法、商標法、著作權或公平交易 關於智慧財產權益保護刑事訴訟案件 2.3行政訴訟 2.3.1 第一審 相關智慧財產權法所生第一審行政訴訟事件及強制執行事件 2.3.2 訴願 經濟部訴願審議委員會對相關智慧財產權行政處分訴願審議 經濟部智慧財產局對相關智慧財權行政處分
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