室內氣流與空氣傳播病原的擴散，有極大的關係。如飛沫、細菌或菌孢等的懸浮微粒，雖可能會因粒徑大小差異使其沈降效應有強弱差別，但微粒均會受空氣牽引而隨氣流方向運動是不變的事實。因此，為防止醫護人員暴露於污染區，室內氣流的設計就必須遵循「Clean to Dirty」原則。亦即氣流方向應採有效的設計，使其由乾淨區域往下游的污染源流動並排出室外，負壓隔離病房在病患頭部附近裝設排風口即為此理。但若進一步考量更完整的通風安全，則室內的迴流區亦可能導致污染物的累積而徘徊不去。為降低迴流尺度，調整供風口與排風口相對位置，使室內流場儘可能達單方向性流動，為較佳的設計策略。醫護人員需先瞭解室內流場型態，方可在有利位置進行作業，避免暴露於高濃度病原空氣中。
另外，室內換氣效能的高低可決定空氣的品質，換氣率高的室內可有效稀釋空氣病原濃度。由於多數病原在濃度甚低時可降低使人體致病的機率，因此對負壓病房或生物實驗室等場所，一般均要求其換氣率標準至少需達12~15 ACH（Air Change per Hour），即室內排出的氣體每小時為12至15倍的室內空氣體積。理論上，換氣率越高可獲得的稀釋效果較佳。但過高的排氣量對於不使用循環空氣的阻隔區來說，就表示必須有同樣的外氣供氣量。為控制不斷引入的外氣的溫濕度，則將導致空調運轉成本大增。因此，無論是負壓病房或生物實驗室等含微生物風險之場所，必須考量風險與運作成本，進行有效的評估。
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